다윈이 최소 20여년 간 사실들을 수집하고 주요 의문 사항들은 장기간에 걸쳐 실험 및 연구함으로써 그 결과 마침내 출간할 수 있었던 대작이다. 당시 대유행이던 사육재배에 착안하여 1장을 ｢사육재배 하에서의 변이｣로 시작해 독자의 흥미를 끌고 2장을 ｢자연 상태의 변이｣로 삼았다. 이후 3장 ｢생존투쟁｣과 4장 ｢자연선택｣으로 이어지는 효과적인 구성을 택하였다. 초판 1,250부는 상당히 비싼 가격이었는데도 당일 매진이었다. 나중에는 서민들도 사볼 수 있는 가격으로 낮춘 데서도 알 수 있듯이, 일반인들도 읽을 수 있는 대중적인 과학 서적이었다. 당시의 잡지 등 대중 출간물에서도 활발히 논의되고 풍자 만화에서 찬사와 야유의 대상이 되기도 했다. 『종의 기원』은 초판 출간 이후에도 계속 개정 증보를 하여 6판까지 나왔다. 생애 전체에 걸쳐 최신 정보를 반영하며 개정을 거듭한 책이었던 것이다.
다윈이 진화론을 창시했다고 하는 오해가 있는데, 진화론은 고대부터 있었던 가설이었다. 다윈이 한 것은 막연한 주장 수준을 넘어 방대하고 체계적인 근거를 제시하였으며, 이보다 더 중요한 것은 진화의 메커니즘을 밝혔다는 점이다. 그것이 바로 생존투쟁을 전제로 한 ‘자연선택’이다.
끝으로 제9장은 ｢지질학적 기록의 불완전함에 대하여｣인데, 당시의 지질학적 기록만으로는 진화가 사실이었음을 확증할 수 없다는 것이다. 당시는 물론 지금도 이 장을 들먹이며 진화론이 대단히 불충분한 학설이라는 점, 심지어 수많은 학설 중 하나에 불과하다는 점의 증거로 악용되기도 한다. 하지만 20세기 중반 이후 발전한 유전학의 성과를 새삼 생각해보자. 그 이후 눈부시게 발전한 분자 유전학에 대한 지식이 다윈에게는 없었는데, 그런 상태에서 진화론의 확실한 증거를 확보했다고 주장했다면, 그거야말로 다윈이 엄밀한 과학자가 못된다는 증거가 될 수도 있었다. 다윈의 겸허한 학문적 태도가 있었기에 이후 지질학이나 발생학이 더 발전할 수 있었고 20세기에 들어 생명에 대한 진정한 학문으로 확실히 정립될 수 있었다.
『종의 기원』은 기독교는 물론이고 정치, 사회, 세계질서에도 큰 영향을 끼쳤고 제국주의에게는 약육강식의 논리를 제공하기도 했다. 이와 직간접적으로 관련해서 우생학 사상의 기반이 되기도 했다. 반면, 20세기의 비서구 국가들에게는 억압적인 세계 질서가 영원한 것이 아님을 보여주는 것으로 읽히면서 독립운동에도 큰 힘이 되어 주었다.
